Fundada en 1994 por Amalio Aragón junto a sus hijos, aunque sus orígenes se remontan a 1970 cuando el padre comienza a adquirir pequeñas parcelas a viticultores vecinos, con la ilusión de algún día elaborar un vino de Quintana de Pidio.
Cuando decide crear su propia bodega la llama Cillar de Silos en homenaje al monje que se encargaba históricamente de la intendencia en el Monasterio de Silos. El cillero, era el encargado de organizar la despensa o cillería, con el vino y los alimentos necesarios para el día a día de los religiosos.
Además, Cillar de Silos cuenta con una bodega subterránea que data de finales del S. XVII. Las condiciones naturales de humedad y temperatura (entre 11,5º y 12º C) son constantes durante todo el año y las idóneas para que los vinos finalicen el proceso de envejecimiento en botella.